Dla faktur sprzedaży zarejestrowanych w module Faktury Sprzedaży możliwe jest ustawienie oraz wykorzystanie procedur JPK. Procedury stosuje się na poziomie dokumentu, a nie pojedynczych transakcji. Do jednego dokumentu można przypisać jedną lub kilka procedur.

Wybór procedury odbywa się poprzez kliknięcie przycisku PROCEDURY JPK. Następnie w nowym oknie, w polu Typ dokumentu, należy wybrać odpowiedni typ z rozwijanej listy. Lista obejmuje następujące opcje:
- RO – Dokument zbiorczy,
- WEW – Dokument wewnętrzny,
- FP – Faktura do paragonu.
W polu Procedury specjalne można wskazać dodatkowe procedury specjalne. Kliknięcie w to pole otwiera listę wyboru zawierającą następujące opcje:
- SW – Dostawa w ramach sprzedaży wysyłkowej,
- EE – Usługi telekomunikacyjne lub nadawcze,
- TP – Jednostki/podmioty powiązane,
- TT_WNT – WNT – transakcja trójstronna uproszczona,
- TT_D – WNT – transakcja trójstronna uproszczona,
- MR_T – Marża – świadczenie usług turystycznych,
- MR_UZ – Marża – towary używane, dzieła sztuki, przedmioty kolekcjonerskie, antyki,
- I_42 – WDT procedura celna 42,
- I_63 – WDT procedura celna 63,
- B_SPV – Transfer bonu jednego przeznaczenia,
- B_SPV_DOSTAWA – Sprzedaż objęta bonem jednego przeznaczenia,
- B_MPV_PROWIZJA – Pośrednictwo sprzedaży bonów,
- MPP – Sprzedaż wg podzielonej płatności,
- KorektaPODstawyOpodt – Korekta podstawy opodatkowania, o której mowa w art. 89a ust. 1 i 4.
Kolejne zmiany wprowadza się w polu GTU. Po kliknięciu w to pole należy z listy wybrać odpowiednie oznaczenie GTU. Lista zawiera następujące opcje:
- GTU_01 – Dostawa napojów alkoholowych,
- GTU_02 – Dostawa towarów, o których mowa w art. 103 ust. 5aa ustawy,
- GTU_03 – Dostawa olejów i smarów,
- GTU_04 – Dostawa wyrobów tytoniowych,
- GTU_05 – Dostawa odpadów,
- GTU_06 – Dostawa urządzeń elektronicznych,
- GTU_07 – Dostawa pojazdów oraz części samochodowych,
- GTU_08 – Dostawa metali szlachetnych oraz nieszlachetnych,
- GTU_09 – Dostawa leków oraz wyrobów medycznych,
- GTU_10 – Dostawa budynków, budowli i gruntów,
- GTU_11 – Świadczenie usług w zakresie przenoszenia uprawnień do emisji gazów cieplarnianych,
- GTU_12 – Świadczenie usług o charakterze niematerialnym,
- GTU_13 – Świadczenie usług transportowych i gospodarki magazynowej.

Po wprowadzeniu odpowiednich ustawień należy kliknąć przycisk ZAPISZ. Na przycisku PROCEDURY JPK pojawi się dodatkowe oznaczenie informujące o liczbie wybranych procedur.